La flore intestinale ou microbiote est un sujet très à la mode depuis quelques années. Des travaux toujours plus nombreux montrent que le monde microbien que nous hébergeons a de multiples actions sur notre organisme. En effet, situé à l’interface entre notre alimentation et notre paroi intestinale, notre flore contribue à nous maintenir en santé. Mais, déséquilibrée, elle peut être à l’origine de maladies et de certains de nos comportements (addictions, humeur triste ou dépressive, etc…).

Mais, finalement, qu’est-ce que la flore intestinale ? Vous le saurez en lisant cet article. Ensuite, je vous dévoilerai 7 rôles clés de notre microbiote intestinal sur notre organisme. Enfin, vous découvrirez comment faire concrètement pour chouchouter votre microbiote pour, qu’à son tour, il prenne soin de vous et de votre santé.

Flore intestinale, de quoi parle-t-on exactement ?

Notre corps abrite différents micro-organismes. Les bactéries sont les plus étudiées. Des virus, des champignons et des parasites (en cas de dysfonctionnement) sont également présents. Il a longtemps été admis dans les communautés scientifique et médicale que nous étions constitués de 10 fois plus de micro-organismes que de cellules. Une étude a revu récemment ce chiffre à la baisse, faisant passer le ratio de 10 : 1 à 1 : 1. Ainsi, notre corps comporterait 40 milliards de bactéries et 30 milliards de cellules humaines. Quoi qu’il en soit, le nombre de bactéries reste encore très impressionnant.

Ces micro-organismes se trouvent partout dans notre organisme : peau, poumons, vagin, sang, nez, bouche, etc… Mais c’est dans notre intestin grêle et notre côlon qu’ils se trouvent en plus grand nombre. En effet, notre flore intestinale compte 1000 espèces différentes dont une large majorité de bactéries. Chaque individu héberge une flore unique, d’environ 160 espèces ; ce qui représente un patrimoine génétique largement supérieur au nôtre (600 000 gènes contre 30 000 pour le génome humain).

Notre microbiote se développe dès la naissance. Dans l’utérus, le futur bébé n’héberge aucun microbe vivant. La composition de la flore intestinale varie selon le mode de naissance (voie basse ou césarienne), puis selon l’environnement post natal (nourriture au sein ou artificielle, prise de médicaments antibiotiques, qualité de la diversification alimentaire…) Le microbiote adulte est constitué entre 3 et 4 ans.

La flore intestinale n’est pas juste une simple population microbienne. En réalité, elle constitue un organe à part entière à l’interface entre le monde extérieur (via l’alimentation notamment) et notre monde intérieur (via la barrière intestinale). Cet organe, qui évolue en permanence, s’autoentretient tout en travaillant à la bonne santé de notre organisme. De plus, il communique en permanence avec l’ensemble de nos organes, dont le cerveau. Il est désormais commun de dire que l’être humain est un holobionte porteur de microorganismes, soit un « soi humain » en harmonie avec un « soi bactérien ».

Découvrons sans plus tarder les principales fonctions que remplit notre flore intestinale au sein de notre organisme.

Flore intestinale : ses 7 rôles clés au sein de notre organisme

Notre flore a 4 fonctions principales : digestive, immunologique, nutritionnelle et neurologique.

1# Protection contre les micro-organismes pathogènes

La flore intestinale constitue un « effet barrière » contre les microbes pathogènes. Elle a différentes stratégies pour nous défendre et pour empêcher leur installation dans l’intestin. Citons la production de molécules antibiotiques naturelles (bactériocines) et la mobilisation de nos cellules immunitaires, véritables alliés du microbiote. Ainsi, nos bactéries digestives peuvent soit directement éliminer le germe indésirable ou le tenir en respect à un niveau auquel il ne peut nuire (on parle alors de porteur sain).

2# Synthèse de nutriments

La flore intestinale synthétise certaines vitamines du groupe B (B1, B3, B6, B9 et B12) et la vitamine K (antihémorragique). Ces vitamines sont précieuses pour notre organisme. De plus, elle permet la synthèse de nombreux acides aminés, dont certains dits essentiels car ils ne sont pas produits directement par notre organisme (comme la valine, la thréonine et le tryptophane).

Enfin, elle facilite l’absorption de certains minéraux (calcium, fer, zinc, cuivre et magnésium notamment) et du bêta-carotène.

3# Protection de la barrière intestinale

Le microbiote est à l’origine de la maturation de la barrière intestinale. Il est donc un acteur de premier ordre de son efficacité.

Ainsi, le microbiote :

• augmente la surface d’absorption de la muqueuse intestinale au contact de notre bol alimentaire ;
• participe à la croissance des vaisseaux sanguins de l’intestin ;
• stimule le renouvellement des cellules de la paroi intestinale (les entérocytes) ;
• stimule la production de mucus qui se dépose sur la paroi intestinale pour la protéger des bactéries pathogènes.

4# Fermentation des fibres alimentaires

La flore intestinale a un énorme potentiel enzymatique, bien supérieur au nôtre. Elle se nourrit des aliments non digérés qui lui parvienne, notamment des fibres. Ces fibres sont transformées, par un processus de fermentation, en acide gras à chaîne courte. Ces derniers jouent un rôle important dans la santé du microbiote et de son hôte. Ils interviennent notamment dans la protection de l’intestin (voir précédemment) et dans la régulation des fonctions métaboliques (régulation de poids et du stockage des graisses, satiété, etc…).

5# Modulation du système nerveux central (axe intestin-cerveau)

Notre flore intestinale dialogue avec le cerveau via la circulation sanguine et le nerf vague. D’ailleurs, on estime que 80% des fibres de ce dernier permettent la transmission de l’information de l’intestin au cerveau. Ainsi, notre microbiote peut intervenir dans la modification de notre état de stress, de nos humeurs et de notre comportement. De plus, il pourrait favoriser le développement de certaines maladies neuropsychiatries, telles que la dépression, l’autisme, la schizophrénie, l’anxiété et les troubles bipolaires, en relation avec de nombreux autres facteurs (génétiques, psychologiques, environnementaux…).

6# Détoxication de l’organisme

En plus de faire barrière à certaines toxines et toxiques, notre flore intestinale a une activité métabolique antitoxique potentiellement équivalente à celle du foie ! Ainsi, son déséquilibre entraîne un surplus de travail détoxiquant au foie.

7# Participation au transit

Une flore intestinale saine participe à la bonne vitesse du transit intestinal. De plus, la restauration d’une flore déséquilibrée contribue à normaliser le transit.

Flore intestinale : ce qu’il faut faire et ce qu’il est préférable d’éviter

Jour après jour, il est important de prendre soin de notre flore intestinale. Et il n’est jamais trop tard pour commencer !

Voici un aperçu de ce qu’il faut faire et ne pas faire :

A faire	A éviter
Consommer des omégas 3,6 et 9 (huile de lin, de cameline, d’olive, de noix) et, modérément, des acides gras saturés (huile de coco, ghee)	Consommer des acides gras trans (huiles végétales hydrogénées dont l’huile de palme), issus de produits transformés (margarine, biscuits, plats cuisinés, viennoiseries, etc…)
Boire de l’eau de qualité (peu minéralisée), au moins 1,5L par jour	Boire des sodas, plusieurs cafés dans la journée, avoir une consommation importante d’alcool
Manger des fibres en faisant la part belle aux légumes (crus et cuits) et aux fruits entiers dans son assiette	Consommer les fruits essentiellement sous forme de jus, ne pas manger de légumes à chaque repas
Privilégier les sucres complets, de coco, le miel	Consommer du sucre raffiné (sucre roux, blanc, cassonnade), des édulcorants
Privilégier les protéines végétales, modérer sa consommation de protéines animales, surtout la viande rouge, préférer les œufs	Manger de la viande à tous les repas
Consommer régulièrement des aliments fermentés (kéfir, kombucha, soja, jus de légumes, légumes)	Consommer majoritairement des aliments cuits à haute température et des aliments industriels, fuir les aliments crus
Choisir des cuissons douces : à la vapeur, à l’étouffé, a four à basse température, à l’eau	Choisir des cuissons à haute température : friture, barbecue, micro-onde, cuisson à feu vif
Adopter une alimentation variée, diversifiée et d’origine biologique le plus possible	Adopter un régime à la mode sans raison médicale : régime hyperprotéiné, sans gluten, cétogène…
Bouger le plus possible au quotidien (prendre les escaliers, marcher plus) et pratiquer une activité physique régulière	Marcher moins de 30 minutes par jour, rester assis trop longtemps
Prendre le temps de se détendre et de prendre soin de soi	Vivre une vie à 100 à l’heure et considérer le repos comme une perte de temps

Conclusion

Notre flore intestinale est un allié précieux pour notre santé et notre vitalité. Elle a un pouvoir extraordinaire sur notre organisme que l’on commence à peine à appréhender. C’est pourquoi il est important d’en prendre soin au quotidien. Vous pouvez commencer dès aujourd’hui en améliorant votre alimentation. En effet, un changement nutritionnel est bénéfique dès les premiers jours grâce à un enrichissement en bactéries du microbiote et grâce à une amélioration de sa biodiversité globale. Maintenant, c’est à vous de jouer !

Sources 

Prenez soin de vos intestins, Daniel Kieffer, Editions Jouvence Santé, 2016.

Maigrir de plaisir en charmant ses bactéries, Dr Martine Cotinat, Editions Thierry Souccar, 2020.